鸦片战争之前，基督教（在我国单指基督教新教）已传入中国。清代政府对外采取闭关政策，明令禁止外国人在内地传教。一些外国传教士以商务或职员身份到中国秘密传教。鸦片战争后，随着一系列不平等条约的相继签订，帝国主义国家以武力胁迫取得了在中国公开传教的特权。1865年，英国传教士戴德生(James  Hudson  Tay-for  1832~1905年)在上海建立一个专门入内地传教的跨宗派组织——中华基督教内地会。戴德生分两路派人进人河南传教：一是豫东商埠周口镇(今周口市)，水路可直通上海；二是豫西南商埠赊旗镇(今社旗县)，水路发达，交通便利。1883年，戴德生身着中式服装，从上海到周口镇传教。秋末在周口镇南岸新渡口建立教会，修建了河南省第一座基督教礼拜堂。两年后，戴又在赊旗镇建立了教会。《中华归主》载：因河南“昔年排斥西人之举动最烈”，所以，基督教传入初期，传教士多在豫东、豫南较偏僻的城镇立足，不敢贸然进人河南腹地。1894年，加拿大长老会传入豫北彰德府(今安阳)。1898年，美国路德会进入信阳、确山设堂传教。1899年，内地会的瑞华会在豫西新安设堂传教。至1900年，河南省有4个基督教教会，其中内地会有总堂8所，豫鄂信义会有总堂2所，加拿大长老会有总堂1所。

1901年，《辛丑条约》签订后，帝国主义所支持的基督教各差会，争相派遣传教士来河南传教。1901一1910年间，先后有美国浸礼会、循理会、基督复临安息日会、清洁会、挪威福音会、信义会和加拿大圣公会7个教会来河南传教。各教会为了扩大各自传教范围，协议划定传教区域和各自的势力范围，以开办学校和医院作为传教、吸收教徒的主要手段。1910~1938年，又有救恩会、神召会、圣洁会、耶稣家庭、基督徒聚会处、中国耶稣教会、真耶稣教会相继传人河南。至1938年末，河南省境内共有16个基督教教会，设立教堂314座(其中总堂67座)，外国教牧职员，中国教牧职员1106人，信徒12418人。

抗日战争时期，日军侵入河南，基督教活动受阻。1941年太平洋战争爆发后，日军封锁了开封城内所有教堂，大部分外国传教士相继回国，未撤走的美籍传教士司崇德被日军拘禁。教会经济来源断绝，教徒四散，日本侵略军占据了开封城内教堂。郑州、淮阳、襄城、郏县、叶县等地的教会也被封锁。

1945年日本投降，各国差会立即派遣传教士到河南，对教会进行恢复整顿。内地会总会于1946年秋派美国人赫利斯与英国人金利斯、高玉森3人组成慰问团自上海来豫慰问开封、郑州、襄城、郏县、漯河、周口、许昌、洛阳等地的基督教会，并重建各地教会组织。

中华人民共和国成立初期，基督教上层人士由于不了解人民政府的政策法令，一度表现恐慌疑虑，宗教活动方式从公开转入隐蔽。外国会差会代表也转入幕后控制。1949年10月，中国基督教访问团来河南访问，与河南基督教界共同商议，各教会采取联合行动，巩固教会内部工作。其时，帝国主义继续利用和控制宗教，激起中国基督教徒的极大愤慨。1950年，以吴耀宗为首的基督教界爱国人士联名发表名为《中国基督徒在新中国建设中努力的途径》的宣言，河南基督教徒4万余人在宣言上签名，表示坚决拥护。从此，河南省基督教也开展了声势浩大的争取中国教会自治、自养、自传的“三自革新”运动，打击了披着宗教外衣的帝国主义分子，清除了教会中的帝国主义势力，摆脱了外国差会的控制。外籍传教士陆续离开了河南，河南各地教会及附属机构由中国教牧人员及有关部门管理。1955年以后，河南各地市相继成立了基督教进步团体。1958年，河南省基督教成立了“三自爱国运动委员会”。1958年9月，河南省基督教开始进行宗教制度民主改革，废除了教会中的宗教特权和压迫剥削制度，各教堂实行联合礼拜，改变了过去各教派对立、互不团结的局面。各教派教牧人员轮流主领礼拜讲道。

中华人民共和国成立初期，政府规定：对于外国教会转移给中国教会的房屋，均确认为中国教会所有；中国教会使用外国教会的房屋，凡属宗教事业使用的，也归中国教会所有。教会为了自养，将教会的房屋出租给单位或个人使用，收取一定租金，也有的由房管部门将教会房屋接管出租，按期付给教会租金。各教会在经济上实行统筹安排，合理开支。国家把1950年冻结的西差会存款，有重点的拨给教会使用，并安排教职人员参加劳动生产，不拿教会薪金，自食其力。在教会较多、信徒较集中的城市，则开办小型工厂以增加收入。

1978年十一届三中全会后，各项宗教政策得到恢复和落实。各地的宗教活动场所陆续恢复开放；被停付给基督教会的房租按停付之日起，如数陆续补退给教会；被占用的教会房屋也逐步退还给教会。

1981年，河南省成立了基督教协会。